Родился 22 ноября 1838 года в Дойнауверте (город на берегу Дуная в Баварии). Первой книгой, которую он сам себе купил, был сборник магических заклинаний «Огнедышащий дракон». Но, не зная, что с ней делать, он, в конце концов, сжег ее. Даже не предполагая, что эта первая книга станет отправной точкой главного дела всей его жизни.
Помимо оккультизма Гартман всегда интересовался естественными науками, особенно химией, и по окончании учебы какое-то время работал помощником аптекаря.
Принимал участие в войне 1859 года между Австрией и Италией. После окончил Мюнхенский университет и в 1862 году сдал экзамены на государственного фармацевта.
В 1865 году получил ученые степени доктора медицины и магистра фармакологии. В том же году совершенно случайно ему представилась возможность отправиться в Америку на корабле в качестве судового врача. Через 40 дней, по прибытии в Америку, Гартман обосновался в городке Сент-Луис и стал работать врачом.
В 1867 году – принял американское гражданство.
Во время своих странствий по югу США и Мексике как врач он посетил многие индейские племена и изучил их религиозные верования. Он заинтересовался спиритизмом и стал одним из активистов спиритуалистических кружков Нового Орлеана.
В 1882 году Гартман стал членом Теософического Общества (Т.О.). В 1883 году был приглашен в штаб Т.О. в Адьяре (Индия), где принял буддизм.
В 1885 году он возвратился в Баварию, где познакомился с австрийским промышленником Карлом Кельнером, который также интересовался эзотерикой. Благодаря сходным медицинским интересам, вместе они создали линго-сульфитную терапию – ингаляции для туберкулезников.
В это же время Гартман все больше и больше вовлекается в теософские круги Вены, где происходит его первая встреча с Теодором Ройссом (немецкий оккультист, франкмасон). В октябре 1897 года создал и возглавил Интернациональное теософическое братство в Мюнхене, которое проповедовало идеи ариософии*.
С 1902 году Гартман занимал высокие должности в двух масонских организациях –«Суверенном святилище» и Великом Востоке. После того как в 1906 году было объявил об объединении этих двух организаций, вместе с рядом других, Гартману был дан титул «Почетный Гроссмейстер Суверенного святилища».
Однако вскоре между Ройссом и Гартманом начались разногласия. Ройсс, Гартман и Кельнер по-разному смотрели на практики Хатха-йоги, которыми они тогда занимались. Но в 1905 году Карл Кельнер, во многом финансировавший оккультные начинания всей троицы, умер. Разногласия между Ройссом и Гартманом остались, что не помешало им в 1906 году совместно принять участие в подготовке проекта Манифеста О.Т.О. Тем не мнее формальным главой этой организации оставался Гартман, хотя никогда не был членом ни одного из отделений ордена O.T.O.
7 августа 1912 года Франц Гартман умер в Кемптоне (Южная Бавария).
Гартман был одним из наиболее плодовитых оккультных авторов своего времени.

*Арийские племена веровали, что окружающий их мир создан богиней Матерью Мира Софией Премудрой, которая во всё, что создавала, вложила частицу своей божественной души. Деревья, вода, камни получили божественные души и, соответственно, представляют низших представителей пантеона арийских Богов. Язычники почитают Солнце и Землю, как божественные сущности, которые обеспечивают существование человечества.